Teknik Biomedis di UGM, sebagai program unggulan lintas-disiplin, telah dimulai sejak tahun 2006 program CASECUBE (Common Asian European Curriculum on Biomedical Engineering) di bawah naungan proyek Asia-Link, dengan melibatkan Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Kedokteran, dan Fakultas Teknik (Departemen Teknik Mesin dan Industri) UGM, berkolaborasi dengan Pendidikan tinggi lain (ITB-Bandung, University of Groningen-Netherlands, University Ghent-Belgium, University of Leeds-UK, Indian Institute of Technology Delhi). Proyek ini menjadi inisiasi lahirnya minat studi lintas-disiplin pada level S2 dan S3 di Sekolah Pascasarjana UGM. Selain telah menyelenggarakan perkuliahan S2 dan S3 yang telah meluluskan sejumlah mahasiswa master dan doktor. Teknik Biomedis UGM juga tergabung dalam organisasi profesional dan terlibat aktif dalam kegiatan penelitian. Teknik Biomedis UGM tergabung dalam Masyarakat Biomedis Indonesia (MBI atau IBES/Indonesian Biomedical Engineering Society) dan AIPTBI (Asosiasi Institusi Pendidikan Teknik Biomedis Indonesia). IBES didirikan pada tanggal 4 April 2001 di depan notaris dan kegiatannya antara lain adalah seminar dan penelitian. Teknik Biomedis UGM adalah penanggungjawab penelitian pengembangan perangkat terapi intravaskular dengan stent, yang melibatkan tim riset lintas disiplin. Produk stent (INA-Stent) yang dikembangkan tim riset Teknik Biomedis UGM dalam enam tahun riset dengan hibah Kemristek DIKTI, diharapkan dapat menjadi produk nasional dengan kualitas yang memenuhi standar dan biaya yang lebih terjangkau, sehingga dapat mendukung kebijakan permerintah dalam pelayanan kesehatan. Pengembangan INA-stent telah dipublikasikan dalam beberapa seminar nasional dan internasional. Pada tanggal 23 Januari 2020 telah diberikan sertifikat paten untuk invensi dengan judul Stent Kardiovaskular dengan struktur berbentuk huruf RM untuk meningkatkan kuat radian penahan plak, dengan nomor Paten: IDP000066787. Proses pengujian telah dilakukan hingga tahap uji pre-klinis dan persiapan uji klinis. Sementara itu, lini produksi juga telah dipersiapkan di Science & Techno Park UGM. Instrumen untuk diagnosis dan penanganan klinis kardiovaskular juga telah dipersiapkan di Cath Lab yang bertempat di Rumah Sakit Hewan Prof. Soeparwi, Fakultas Kedokteran Hewan UGM.
Namun demikian, baru awal tahun 2020, Program Studi Magister Teknik Biomedis diijinkan berdiri sendiri sebagai Program Studi, yang sebelumnya telah menjadi minat studi di Program Studi Bioteknologi Sekolah Pascasarjana UGM.
